Với Mục tiêu quản lý, bảo vệ và bảo tồn nguồn lợi thủy sản, các loài sinh vật biển, loài quý hiếm có nguy cơ tuyệt chủng, loài có giá trị kinh tế, khoa học sống trong khu bảo tồn; bảo vệ môi trường và các hệ sinh thái, cảnh quan tự nhiên gắn với phát triển du lịch sinh thái bền vững, cải thiện sinh kế của cộng đồng ngư dân địa phương, góp phần phát triển kinh tế biển.

Duy trì chức năng các hệ sinh thái và chất lượng nơi sinh cư của các loài sinh vật; tăng mức độ bổ sung cho quần đàn của các loài sinh vật sinh sống xung quanh khu bải tồn biển; giảm thiểu hoặc loại bỏ những tác động làm suy giảm chất lượng môi trường, cấu trúc của hệ sinh thái, đa dạng sinh học, nguồn lợi thủy sản và tài nguyên thiên nhiên. Bảo vệ, phục hồi và phát triển quần thể của các loài sinh vật đặc hữu, quý hiếm như: Thằn lằn đuôi vàng, Sóc bông Hòn Khoai, Bồ câu nicobar, Đại bàng biển bụng trắng, San hô cành, Tôm hùm đá,  Trai bàn mai, Trai ngọc nữ,... Vận động 100% doanh nghiệp, cộng đồng ngư dân các địa phương có hoạt động du lịch sinh thái, nuôi trồng thuỷ sản, trong khu vực Khu bảo tồn biển ký cam kết tham gia bảo tồn tài nguyên thiên nhiên, bảo vệ đa dạng sinh học, môi trường và phát triển bền vững.

Tổ chức công bố Quyết định thành lập Khu bảo tồn biển tỉnh Cà Mau; tuyên truyền, giáo dục nâng cao nhận thức cho cán bộ quản lý và cộng đồng bằng các hình thức phù hợp. Đào tạo, tập huấn cho cán bộ quản lý Khu bảo tồn biển kỹ năng lập và triển khai hoạt động truyền thông cộng đồng về bảo tồn đa dạng sinh học nói chung và bảo tồn biển nói riêng; kỹ năng lặn biển, kiến thức về thống kê, cập nhật thông tin, dữ liệu đa dạng sinh học.

Xây dựng trụ sở làm việc và mua sắp trang thiết bị phục vụ; tổ chức thả phao đánh dấu ranh giới Khu bảo tồn biển và xác lập ranh giới các phân khu chức năng trong Khu bảo tồn biển; đóng mới tàu kiểm ngư phục vụ cho công tác tuần tra, kiểm tra, giám sát, theo dõi, quản lý Khu bảo tồn biển, bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản, tìm kiếm cứu hộ cứu nạn trên biển.

Nghiên cứu, áp dụng hình thức bảo tồn để phục hồi và bảo tồn loài quý hiếm; tổ chức thả rạn nhân tạo làm nơi trú ẩn, sinh trưởng cho các loài thủy sản; quan trắc, thống kê, cập nhật thông tin, dữ liệu đa dạng sinh học và xây dựng cơ sở dữ liệu đa dạng sinh học; xây dựng bộ tiêu bản sinh vật biển; hỗ trợ tái định cư và chuyển đổi cơ cấu nghề nghiệp kết hợp mô hình phát triển du lịch sinh thái biển cho cộng đồng dân cư; quản lý rác thải nhựa đại dương nhằm bảo vệ môi trường sinh thái, bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản và cảnh quan thiên nhiên. Tổ chức tuần tra, giám sát, ngăn chặn và xử lý các hành vi vi phạm pháp luật trong phân khu chức năng thuộc Khu bảo tồn biển.

Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chủ trì, phối hợp với các sở, ngành, địa phương, đơn vị có liên quan tổ chức triển khai thực thiện Kế hoạch đúng trình tự, thủ tục quy định, đảm bảo hiệu quả, phù hợp với các mục tiêu, nội dung, nhiệm vụ và giải pháp đề ra; định kỳ tổ chức sơ kết, tổng kết, đánh giá rút kinh nghiệm, để kịp thời khắc phục các hạn chế, khó khăn. Các sở, ngành, địa phương, đơn vị chức năng có trách nhiệm phối hợp chặt chẽ với Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thực hiện các nội dung có liên quan

                                                                Thanh Tòng