Trách nhiệm bảo vệ bí mật nhà nước của cơ quan, tổ chức: tại Điều 24  Luật Bảo vệ bí mật nhà nước quy định kế thừa quy định tại Luật Bảo vệ bí mật nhà nước năm 2018, Luật giữ nguyên quy định Chính phủ thống nhất quản lý nhà nước về bảo vệ bí mật nhà nước; Bộ Công an chịu trách nhiệm trước Chính phủ thực hiện quản lý nhà nước về bảo vệ bí mật nhà nước; Bộ Quốc phòng chịu trách nhiệm trước Chính phủ thực hiện quản lý nhà nước về bảo vệ bí mật nhà nước thuộc phạm vi quản lý; Ban Cơ yếu Chính phủ giúp Bộ trưởng Bộ Quốc phòng thực hiện quản lý nhà nước về bảo vệ bí mật nhà nước trong lĩnh vực cơ yếu.

Luật bổ sung quy định các ban, bộ, ngành, địa phương có trách nhiệm quyết định biện pháp bảo đảm an ninh, an toàn, phòng, chống xâm phạm bí mật nhà nước đối với “mạng LAN độc lập”; sử dụng máy tính, thiết bị đã dùng để soạn thảo, lưu giữ bí mật nhà nước; sử dụng máy tính, thiết bị có lịch sử kết nối với mạng máy tính (trừ mạng LAN độc lập), mạng Internet, mạng viễn thông để soạn thảo, lưu giữ bí mật nhà nước; triển khai, sử dụng hệ thống trí tuệ nhân tạo hoặc công nghệ mới trong hoạt động bảo vệ bí mật nhà nước (điểm đ, điểm e khoản 3 Điều 24). Đây là quy định mới được bổ sung trong Luật Bảo vệ bí mật nhà nước năm 2025 nhằm phù hợp với chủ trương tăng cường phân cấp, phân quyền trong công tác bảo vệ bí mật nhà nước, phù hợp với điều kiện thực tiễn của cơ quan, tổ chức, địa phương và nâng cao trách nhiệm, tăng tính chủ động trong hoạt động bảo vệ bí mật nhà nước của của cơ quan, tổ chức, địa phương.

Trách nhiệm của người đứng đầu cơ quan, tổ chức trực tiếp quản lý bí mật nhà nước (Điều 25) như sau: 1. Chỉ đạo, kiểm tra, đôn đốc việc thực hiện quy định của pháp luật và quy chế về bảo vệ bí mật nhà nước trong cơ quan, tổ chức thuộc phạm vi quản lý.  2. Chỉ đạo, xử lý theo thẩm quyền và kịp thời thông báo với cơ quan có thẩm quyền khi xảy ra lộ, mất bí mật nhà nước thuộc phạm vi quản lý. 3. Tổ chức thu hồi tài liệu, vật chứa bí mật nhà nước khi người được phân công quản lý bí mật nhà nước thôi việc, chuyển công tác, nghỉ hưu, từ trần hoặc vì lý do khác mà không được phân công tiếp tục quản lý bí mật nhà nước.

Quy định về trách nhiệm của người đứng đầu cơ quan, tổ chức trực tiếp quản lý bí mật nhà nước cơ bản được kế thừa từ Luật Bảo vệ bí mật nhà nước năm 2018; Luật bãi bỏ quy định người đứng đầu cơ quan, tổ chức trực tiếp quản lý bí mật nhà nước phải xây dựng nội quy bảo vệ bí mật nhà nước cho phù hợp với thực tiễn công tác bảo vệ bí mật nhà nước. Theo đó, cơ quan, tổ chức trực tiếp quản lý bí mật nhà nước tổ chức triển khai công tác bảo vệ bí mật nhà nước theo quy định của Luật Bảo vệ bí mật nhà nước, văn bản hướng dẫn thi hành và quy chế bảo vệ bí mật nhà nước của cơ quan, tổ chức cấp trên.

Ngoài ra, Luật bổ sung quy định mới về chủ thể có thẩm quyền sao, chụp tài liệu, vật chứa bí mật nhà nước (Điều 11): Nhằm phục vụ hoạt động, vận hành của chính quyền địa phương 02 cấp, đặc biệt là cấp xã, Luật bổ sung cấp xã, một số cơ quan ở trung ương tổ chức theo mô hình khu vực (Kho bạc Nhà nước khu vực, Hải quan khu vực, Dự trữ Nhà nước khu vực, Tòa án nhân dân khu vực, Viện kiểm sát nhân dân khu vực) có thẩm quyền cho phép sao, chụp tài liệu, vật chứa bí mật nhà nước đến độ Tối mật. Bổ sung quy định đối với cơ quan chính quyền có tổ chức đảng song song thì người đứng đầu, cấp phó của người đứng đầu cơ quan, tổ chức đảng đó cũng có thẩm quyền cho phép sao, chụp tài liệu, vật chứa bí mật nhà nước. Quy định này góp phần khắc phục triệt để khó khăn, vướng mắc hiện nay khi cơ quan, tổ chức đảng triển khai, xử lý tài liệu bí mật nhà nước do cấp ủy Đảng cấp trên ban hành.

Luật bãi bỏ quy định về thủ tục ủy quyền thẩm quyền cho cấp phó cho phép sao, chụp tài liệu, vật chứa bí mật nhà nước để tăng cường phân cấp, phân quyền và cắt giảm thủ tục hành chính nội bộ trong cơ quan, tổ chức. Theo đó, người đứng đầu cơ quan, tổ chức có thẩm quyền cho phép sao, chụp tài liệu, vật chứa bí mật nhà nước độ mật nào thì cấp phó có thẩm quyền cho phép sao, chụp tài liệu, vật chứa bí mật nhà nước tương ứng với độ mật đó (trừ cấp phó trưởng phòng và tương đương thì không có thẩm quyền sao, chụp).